A Gorbacsov elleni puccs ideje alatt Bakatyin közvetíteni igyekezett a keményvonalasok és a kormány között a vérfürdő megelőzése érdekében. A puccs kudarca után Borisz Jelcin javaslatára Bakatyint bízták meg a KGB vezetésével és a szervezet megreformálásával.